目前本平台上已经部署了专门用于生物信息分析的Galaxy子平台,该平台是由美国宾夕法尼亚州立大学(Penn State University)和约翰霍普金斯大学(Jonns Hopkins University)联合开发的基于Web的开源生物信息分析平台,目前在整个北美乃至全世界都有广泛的应用。
Galaxy是一个开放性的平台,功能强大并支持二次开发,其集成了大量的生物信息分析工具,为用户提供了一个简单易用的生物信息分析界面。
另外,本平台上已部署TH-bio生物信息分析子平台,该平台整合了常用数据库、生物信息软件和分析流程,提供常见生物信息分析的一站式解决方案。目前支持的分析包括基因变异分析(全基因组、全外显子、癌症对照)、转录组分析(RNA-Seq、small RNA-Seq、single-cell RNA-seq)、ChIP-Seq、结构变异分析等。基于命令行方式,与普通计算环境无缝集成,有效支持精准医学等大批量样本分析。弹性调用“天河二号”计算资源,成百上千规模批量分析可轻松完成。
在本平台上可进行生物大分子的结构模拟与功能预测、药物设计和筛选、蛋白质结构预测及相互作用网络分析、蛋白质序列分析、基因调控网络功能分析、基因序列分析和比对、SNP变异检测、疾病与基因关联分析、外显子与转录组的研究、医疗健康大数据的分析和信息挖掘等多种分析与研究。在本平台上的分析与研究将涉及多种方法学的使用,如分子动力学、第一性原理、字符串处理、图论、贝叶斯模型、高斯模型、马尔可夫预测模型、数学统计、数值模拟和数据挖掘等。为提高分析和研究效率,有效利用超算中心计算资源,本平台所安装的部分软件拥有并行计算能力,可利用多CPU核、多计算节点和MIC加速卡进行计算,缩短分析研究时间。