作为中国优秀大学之一，香港科技大学（以下简称“香港科大”）在不断探索新知、勇攀科学高峰的同时，亦非常希望在内地建立一个传播知识和创新科技的基地，为国家的经济与社会发展作出贡献。早在1999年，香港科大就通过与广州市政府、霍英东基金会联合建设南沙资讯科技园而参与到了广州的城市建设与发展中，是最早投身于内地经济发展的香港大学。

成立于1977年的霍英东基金会，一直以支持和发展内地教育、科技、文化及经济发展为己任。已故霍英东先生更是高瞻远瞩，对南沙寄予厚望，立志把南沙建成一座充满活力的现代化城市，使其成为香港及珠三角地区科技、教育的合作平台。

科大的理念和愿景，与霍英东先生的夙愿相契合。2005年7月，霍英东先生向香港科大捐赠专款，用于支持香港科大在南沙发展教育与科研，校园选址在霍英东基金会旗下的南沙资讯科技园内。为纪念霍英东老先生的慷慨资助，学院命名为“霍英东研究院”。2007年1月，“香港科技大学霍英东研究院”在南沙资讯科技园正式奠基成立，并于同年3月登记注册为“广州市香港科大霍英东研究院”。